上部消化管（食道、胃及び十二指腸）や下部消化管（大腸）の疾患に対して、内視鏡を中心に診断・治療を行っています。最新鋭の拡大内視鏡を用いて細かく観察し、早期のがんの診断にいかしています。
内視鏡検査でポリープや腫瘍が見付かった場合には、内視鏡で治療可能であれば内視鏡的ポリープ切除術（ポリペクトミー）や内視鏡的粘膜切除術（EMR）で治療します。
早期胃がんに対する内視鏡的粘膜下層剥離術（ESD）にも積極的に取り組んでいます。ESDでは、これまでよりも大きく粘膜を切除できるため、ある程度の大きさまでの早期がんなら、胃を手術せずに治療することができます。
消化性潰瘍（胃潰瘍や十二指腸潰瘍）では、ヘリコバクター・ピロリ菌の感染診断や除菌療法を施行しています。
消化管出血（おう吐や下血など）には、緊急内視鏡検査を行い、潰瘍からの出血にはクリッピングなど、静脈瘤からの出血には静脈瘤結紮術（EVL）や静脈瘤硬化療法（EIS）などで止血しています。
脳梗塞などで嚥下（えんげ）障害のある方には、内視鏡的胃瘻造設術（PEG）を施行し、栄養管理や誤嚥（ごえん）の防止を行っています。
手術不能な食道がんや胃がんのために、食物が通らなくなった場合は、ステントと呼ばれる管を埋め込んで食事ができるような処置を施しています。
腹部エコー、腹部CT、MRCP、超音波内視鏡などを用いた診断と、総胆管結石や胆道悪性腫瘍（胆管癌、十二指腸乳頭部癌など）に対する内視鏡的乳頭括約筋切開術（EST）、内視鏡的乳頭バルーン拡張術（EPBD）、内視鏡的胆管ステント留置術などの内視鏡治療を行っています。
また、閉塞性黄だん（胆管がつまることによる黄だん）や急性胆のう炎には、外科と連携し、胆管や胆のうのドレナージなどの緊急処置を施した後に、内科的あるいは外科的治療を行います。
特にウイルス性慢性肝炎（C型肝炎やB型肝炎）のインターフェロンなどによる治療、肝細胞癌の早期発見と治療（ラジオ波焼灼療法など）に力を入れています。
心臓超音波検査、各種運動負荷試験及びホルター心電図検査を施行し、治療を行っています。そのほかには、人工ペースメーカー植込術などもしています。
気管支喘息、COPD、間質性肺炎の診断と治療、患者教育、HOT（在宅酸素療法）、nasalCPAP（鼻マスク持続陽圧呼吸）装置による慢性呼吸不全患者の治療、気管支鏡を用いた肺癌の診断を行っています。
当院では、看護師、薬剤師、管理栄養士、理学療法士、臨床検査技師の糖尿病療養指導市(CDEJ)と糖尿病専門医がチームを組んで、 外来栄養指導や教育入院を行うとともに糖尿病関連の学会や研究会に積極的に参加し最新情報に基づいた診療を実践しています。
内分泌疾患は、甲状腺のほか下垂体、副甲状腺、副腎、性腺疾患など多数あります。
内分泌外来では血中・尿中各種ホルモンの測定や画像検査を行い、香川大学医学部付属病院をはじめ各医療機関と連携をとりながら診断・治療にあたります。
血液の異常（貧血、血小板減少など）やリンパ節の腫れに対して、骨髄検査、リンパ節検査などで診断をしています。血液悪性腫瘍（白血病、悪性リンパ腫、多発性骨髄腫など）には、化学療法（抗がん剤による治療）を行っています。
関節リウマチをはじめとする膠原病は、早期診断と治療が必要です。各種の膠原病に認められる炎症部位（関節、皮膚、筋肉、その他内臓病変）を特定するために詳しい診察を行いながら、血液中に出現する自己抗体（=自分の組織や細胞を攻撃する抗体）を手掛かりに診断します。
治療としては、近年では炎症のコントロールを目的として、従来の治療だけでなく、生物学的製剤や白血球除去療法など新しい治療を用いて治療しています。
